В муниципальном транспорте Новороссийска городскими властями внедрена система льготного проезда. Несмотря на то, что большую часть подвижного состава в городе представляет коммерческий транспорт, где льготы пока не действуют, многие горожане пользуются льготными картами.
С началом учебного года актуальными становятся карты для учащихся. Карту с буквой "У" может приобрести в кассе троллейбусного депо любой школьник или студент очной формы обучения, предъявив справку из образовательного учреждения. Стоимость карты 100 рублей. Карта действует во всех троллейбусах и автобусах с индексом "М" на маршрутном указателе.
Карты бывают двух видов: городская на 40 поездок в месяц или пригородная на 20 поездок в месяц. Поездки предоставляются на календарный месяц, и до конца месяца не возобновляются. Зато не нужно заботиться о пополнении карты - ресурс поездок в начале каждого календарного месяца возобновляется автоматически.